2015年10月30日，上海海关隶属崇明海关举行开关仪式，由原来的上海海关驻崇明办事处变为上海海关隶属崇明海关，实现了从区域性海关向口岸海关的转变。崇明海关的开关运作，将在上海崇明县外向型经济的发展、长兴岛口岸作业区的扩大开放等方面发挥更大作用。

上海崇明海关的前身为上海海关驻崇明办事处，成立于1996年，主要承担辖区进出口业务通关、企业注册登记、加工贸易监管等业务。自设立以来，有力促进了长三角地区与外界的经济、文化交流。

海崇明海关开关运作后，从原来的区域性海关转变为口岸海关，在保留原有职能之余，承担口岸进出境监管等新职责，新增负责长兴岛作业区（长兴岛东岸）进出境货物的实际监管和崇明地区的船舶监管等业务。